合肥市第四十六中學于1946年創建，前身為合肥市萬慈小學，1975年更名為合肥市第四十六中學。為了加快合肥現代化濱湖大城市建設，合理調整教育資源布局，推進合肥市教育均衡發展，充分發揮該校辦學優勢，擴大優質教育資源的社會效益，更好地滿足人民群眾“好上學，上好學”的需求，根據市委、市政府的決定，2007年9月，該校與合肥師范附校初中部合并，整建制遷入濱湖新區，隸屬包河區教育局，成為合肥市第一所公辦全日制寄宿制初中。
合肥市第四十六中學外形別具一格的教學實驗樓與教師辦公樓構成和諧的統一體，其南面是一個總面積為2000多㎡的操場和標準籃球場，并鋪設了人工草坪，通過校園改造增加了有效的活動空間3200㎡。教學實驗樓有地下自行車停車場1300多㎡，可停放全校師生自行車;一樓大廳1300多㎡，可供全校師生集會及上室內體育課;二樓平臺600多㎡，不但可供學生課間活動，也可用來上體育課。按照義務教育達標要求，為加強素質教育，培養國家需要的合格人才，學校多方籌集資金，逐步配齊各種教學設施，現有物理實驗室兩個、化學、生物實驗室各一個;兩個微機室、兩個多媒體室，還配有多媒體學術報告廳、語音室、科技活動室、圖書室、師生閱覽室、音樂室、美術室、乒乓球館等，各器室均投入正常使用。
2006年省青少年信息學競賽中，以學校學生為主組建的合肥市代表隊取得了歷史性的突破，榮獲初中組團體第一名，且省第一2004至2005年學校先后順利通過區、市級特色學校驗收，榮獲首批“合肥市特色初中”稱號。學校被評為合肥市科普示范學校，合肥市實驗性、示范性校本教研基地，合肥市甲級管理學校，省體育傳統項目學校等。
2007年7月始，根據市委、市政府決定，合肥46中與合師附校初中部合并，整建制遷入濱湖新區，校名仍為“合肥市第四十六中學”，隸屬于包河區教育局，成為合肥市第一所公辦全日制寄宿制初級中學。學校先后被評為安徽省體育傳統項目學校、合肥市特色初中、合肥市科普示范學校、合肥市文明單位、合肥市甲級管理學校、綜合治理模范單位、綠化先進單位、雙擁模范單位和創建國家衛生城市先進單位等。強強聯手辦新校，勵精圖治鑄輝煌。新的合肥46中將充分發揮名牌學校和公辦寄宿制學校兩大優勢，按照設施一流、設備一流、師資一流、管理一流、服務一流、質量一流的標準，高起點、高品位地建設成獨具魅力的濱湖新校;我們將開好局，起好步，三年顯成效，五年鑄輝煌，努力成為全國知名、全省一流的名牌特色初中，以擴大優質教育資源的社會效益，更好地滿足人民群眾“好上學、上好學”的需求，為合肥市教育均衡發展、合肥市現代化濱湖大城市建設做出貢獻。
合肥市第四十六中學海恒分校有32個教學班，在校學生1500余人;有107名教職員工，其中高級教師19人，省骨干教師1人，市拔尖人才1人，市學科帶頭人3人，市骨干教師人7，區骨干教師、學科帶頭人17人。
合肥市第四十六中學南校區位于合肥市包河區濱湖新區西藏路與武漢路交口。于2020年秋季學期投入使用。有68個教室容納3400名學生，有58個教學班，在校學生2783人。現有教職工144人，35周歲以下117人，占81%。碩士研究生30人，高級教師29人，其中國家級教學評比課獲獎者5人，安徽省五一勞動獎章獲得者1人，安徽省優質課評比一等獎獲得者5人，合肥市政府津貼獲得者1人，市級名師工作室主持人1人，區級名師工作室主持人4人，市級學科帶頭人及骨干教師13人。
先后獲得中國學校文化發展共同體聯盟校、全國校園文化系列活動優秀示范單位、全國零犯罪學校、全國青少年校園足球示范校、第二屆全國普法教育活動優秀獎、全國國防教育特色學校、全國語文教師專業化發展工程基地校、安徽省首批標準化建設學校、安徽省體育傳統項目學校、安徽省英語骨干教師國培計劃實踐基地、合肥市美麗校園項目庫學校、合肥市素質教育示范校、合肥市百姓身邊的好學校等榮譽。
